Het Ondernemersfonds hanteert een gebiedsgerichte aanpak, die de beste mogelijkheden biedt om de betrokkenheid van ondernemers goed te organiseren. De Ondernemersverenigingen die het trekkingsgebied vertegenwoordigen, kunnen aanvragen bij het Ondernemersfonds indienen. Het fonds maakt gebruik van een systeem van trekkingsrechten. Daardoor kunnen gebieden waarin ondernemers zijn georganiseerd, zelf over hun eigen inleg beschikken.
Het ondernemersfonds werkt gemeentebreed. Het fonds is een financiële voorziening waarvoor ondernemers zelf betalen via een opslag op de OZB van niet-woningen en kent het principe voor en door ondernemers.
De stichting Ondernemersfonds Pijnacker-Nootdorp heeft een algemeen bestuur dat is samengesteld uit ondernemers en hun vertegenwoordigers uit verschillende gebieden en sectoren in de gemeente. Vanuit het algemeen bestuur is een dagelijks bestuur aangewezen.
